Calvary Chapel difiere de la mayor parte de las iglesias en su estilo de gobierno. La mayoría de las iglesias denominacionales mantiene ya sea una forma de gobierno congregacional, presbiteriano o episcopal al manejar sus iglesias. Estos tres términos no deben confundirse con las denominaciones que llevan esos nombres, porque otras iglesias de diferentes nombres comparten el mismo estilo de gobierno.

La forma de gobierno congregacional es una invención norteamericana, que apela a un sentido de democracia. Básicamente, la congregación como un todo toma todas las decisiones en esas iglesias ya sea votando en las cosas de importancia o nombrando comités de entre sus propios miembros para llevar las operaciones diarias de la iglesia. La mayoría de las iglesias bautistas, pentecostales e iglesias no denominacionales se organizan de este modo. La congregación decide en contratar un pastor, en cómo gastar el dinero y en cualquier otro aspecto de importancia. Aunque a las personas democráticas les guste esta idea, la forma congregacional de gobierno causa que las ovejas dirijan al pastor que está supuesto a liderarlas, y reducen al pastor a ser un simple asalariado.

La forma de gobierno episcopal, usado por  la iglesia católica, los anglicanos, los ortodoxos y metodistas (por mencionar algunos) es dirigida por una jerarquía eclesial la cual tiene diferentes nombres. Básicamente hay un obispo o alguien similar en estatura, llamado por diferentes nombres, que supervisa las iglesias, designa pastores en los púlpitos, dirige las políticas de gobierno y lidera la visión de todas las congregaciones locales. Tristemente este estilo de gobierno, que creció con las monarquías europeas, le dejan muy poca libertad al pastor local o congregación a seguir la guía del Espíritu.

La forma de gobierno presbiteriana, que es típica de las iglesias reformadas presbiterianas y tradicionales, pone las decisiones de la iglesia en un grupo selecto de ancianos (el presbiterio) que son llamados de varias formas, dependiendo de cada iglesia. Estos ancianos están sobre el pastor, quien a su vez, está sobre la congregación. El problema aquí también, es que el sistema pone al líder levantado por Dios, en decir, el pastor, bajo algunos de aquellos que se supone él debe liderar.

Las iglesias de Calvary Chapel se organizan en forma diferente. La forma de gobierno en Calvary Chapel es muy simple, no hay una compleja burocracia, los comités y subcomités no existen. Básicamente en Calvary Chapel creemos que el pastor es el responsable por la iglesia, responsable de oír a Dios y responsable de amar y alimentar al pueblo del Señor fielmente. Los ancianos son nombrados en las iglesias grandes para ayudar al pastor a cuidar de las necesidades espirituales de la congregación, y los diáconos son nombrados para ayudar al pastor a cuidar de las necesidades materiales de la iglesia.

En adición, nuestras iglesias tienen directorios como lo requieren la mayoría de los estados y/o países, y que usualmente están formadas por empresarios cristianos maduros quienes aconsejan al pastor con respecto a las operaciones y decisiones de la iglesia referente a la administración e inversión. En Calvary Chapel no se enfatiza la organización eclesial, sólo se establece la organización que es necesaria para manejar la iglesia. El pastor guía a la iglesia conforme es liderado por el Espíritu Santo, y nosotros confiamos que Dios coloca pastores donde Él quiere que estén.